Głęboka żyła grzbietowa prącia odprowadza zubożoną w tlen krew z żołędzi, czyli zewnętrznej głowy narządu płciowego.
Ta żyła biegnie wzdłuż trzonu i ostatecznie wpływa do splotu żylnego stercza w pobliżu gruczołu krokowego mężczyzny. Stamtąd odtleniona krew musi przepływać przez układ żylny, aż dotrze do środka układu krążenia w celu uzupełnienia tlenu w płucach i recyrkulacji przez lewą stronę serca.
Żyła to nie to samo, co tętnica o podobnej nazwie, która przesyła natlenioną krew do żołędzi. Jednak głęboka żyła grzbietowa prącia biegnie blisko jej tętniczego odpowiednika.
Biegnie również bezpośrednio pod powierzchowną żyłą grzbietową prącia. Jednak warstwa głębokiej powięzi (tkanki łącznej) oddziela dwa żylne naczynia krwionośne.
Ponieważ penis jest unikalny dla męskiej anatomii, obie żyły są również unikalne dla męskiego ciała. Dla celów porównawczych najbliższą relacją w ciele kobiety byłyby żyły obsługujące łechtaczkę.
